使用EM菌來進行水產養殖，是現在科學養殖的一條新思路，隨著技術的普及，越來越多的人都開始認識EM菌養殖所帶來的效益非凡，很多地區，像水產養殖密集的鄉鎮都已經進行過試點使用，得到的效果都非常不錯。

   大豐市利用漁業科技入戶這一有效平臺，大力推廣“雙機一餌+兩菌”的養殖模式（即微孔管增氧機、投餌機、配合餌料、光合細菌和EM菌）。實踐證明EM菌在水產養殖中起到十分重要的作用。因EM菌滲入水體后，其EM菌中的有益微生物群體能抑制病原微生物的繁殖和有害物質的生成，調節養殖環境，增加水中溶氧量(氧氣)，促進養殖生態系中的正常菌群和有益藻類正常生長，保持養殖水體的生態平衡。如將EM菌拌入餌料投喂，直接增強了魚類的吸收功能和抗病抗逆能力，促進健壯生長。最重要的是EM菌還可以提高水產品的質量，在市場競爭中更具有價格優勢。

近年的推廣應用中，EM菌主要有以下幾方面有點：

  一是減少病原微生物和不良藻類、明顯增強養殖對象的免疫力和抗病性，降低發病率，提高成活率。該市白駒鎮沿堤村2011年在1600畝蝦蟹混養養殖過程中使用EM菌，養殖戶反映EM菌原液可使蟹苗成活率提高近一倍。

二是增加有益微生物數量。水面浮游動物、有益藻類增多。

   三是穩定和改善水質，水體顏色清爽，不臭不腐，無硫化氫、氨氣等異味，能見度在25－50cm的時間長且較穩定，換水時間可延長2倍以上，在資源利用起到節約的作用。

四是魚蝦糞、池底雜質和下腳料不會變成淤泥而呈散沙狀

五是促進生長，增重率明顯提高。該市劉莊鎮示范戶孫海華去年在技術指導員的指導下，100畝草魚養殖過程中使用EM菌，成魚上市比往年提前10－15天，平均畝產提高20%－35%，產卵量增加25%，效益有了較大的提高。

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