木托盤的性能和特點均來自木材本身，木材是決定木托盤應用及價格的決定因素。(網址：http://www.hzxhbz.cn/)
　　楊木：屬闊葉樹種，材質松而軟，耐用性差，適用于制造承重不高的托盤。松木：屬針葉樹種，種類較多，實用性廣。落葉松、黃花松、白松、紅松紋理粗實，木質硬，色白，外觀美麗，多用于制造精細包裝物，但價格較高。
　　其問題主要存在于衛生、潔凈度、生產穩定性等方面。木材易受潮、發霉、蟲蛀、無法清洗。此外，其表面木屑脫落及螺釘銹蝕的問題也無法克服。由于木材是天然材料，其質量受氣候等多方面的影響。即使是同一批原料，在干濕度、風裂等方面的情況也難達到一致。木質托盤使用壽命較短，常規使用周轉次數在200-300次。
　　同樣由于衛生原因（主要是天牛蟲的侵害），自1998年美國及歐盟國家對中國出口用木質托盤相繼發出禁令，木托盤需經過熏蒸處理方可出口，熏蒸所需時間和費用均較大（一般為48小時，費用為成本的20%左右），且熏蒸所用藥物又為有害制劑。此外，出口使用后的托盤需由承運商負責運走或銷毀。這極大影響了一次性木質托盤的使用。