微波醫療主要有三類不同應用：

1．理療：

一般由外照式輻射器進行大面積的局部照射，有一定的滲透作用，局部人體吸收微波功率而產生微熱效應，達到舒筋活血和消炎等目的，升溫要求不嚴，一般為2—3℃，特點是體外治療不需要脫衣。也可進行插入理療，如肛門、陰道等。

2．腫瘤熱療：

國內外臨床證明，腫瘤局部進行42—43℃的熱療并輔以放療或化療，由于特殊(非熱)效應使療效顯著提高。熱療常用外照式或插入式輻射器，需控溫。

3．組織凝固治療：

一般用接觸式或插入式輻射器,讓微波能在很小的人體局部產生高溫(≥100℃)可使出血部位外凝干化，息肉汽化，梗阻疏通及腫瘤壞死等，故廣泛用于消化內科、皮膚科、婦科、腫瘤手術等。

微波的熱效應作用：

    生物體在微波場的作用下其帶電粒子與極化分子劇烈運動而相互摩擦產生熱效應。高能熱效應使組織瞬間凝固，具有不炭化、無煙、無異味、損傷小、止血功能強等特點。

同時熱效應使局部組織血管擴張，血循環加速，組織代謝增快，白細胞吞噬作用加強，促進局部病理代謝產物吸收，產生消炎、清腫作用。溫熱作用又可解除肌肉痙攣，清除堆積乳酸而使疼痛緩解。

微波的非熱效應作用：

非熱效應是微波照射治療時，熱量很小，小的使人不能察覺，產生生理和治療作用。實際上組織局部會產生用精密測溫儀器才能測到的升溫現象。非熱效應在消炎、消腫等方面都具有確切療效。微波技術應用已經與多科學技術相接合，不斷擴大應用范圍。

治療范圍 :
婦產科：
宮頸糜爛、宮頸息肉尖銳濕疣、囊腫、帶蒂粘膜下肌瘤、外陰贅生物、宮血、陰道炎、盆腔炎、小葉增生、切口感染、外陰白斑、瘙癢、輸卵管炎引發不孕癥、痛經、催乳等。
五官科：
鼻甲肥大、鼻息肉、鼻出血、慢性鼻炎、咽部濾泡增生、扁桃腫肥大、聲帶小結、慢性咽炎、耳道炎癥、外耳道乳頭狀瘤、血管瘤、突發性耳聾、耳鳴、眼倒毛、打呼嚕。
皮膚科 ：
各種血管瘤、尋常疣、扁平疣、尖銳濕疣、腋臭、潰瘍皮炎、皮疹、皰疹、凍瘡、脫毛。
理療科：
肩周炎、關節炎、氣管炎、胃腸炎、膽囊炎、盆腔炎、乳房包塊、術后傷口愈合。腰扭挫傷及腰肌勞損、坐骨神經痛、感染等。
外科：
手術止血、無血肝脾切除、腦部手術、腹腔鏡手術等。
消化科：
胃息肉、胃出血、食道炎、胃潰瘍、結腸息肉、食道擴張、低位直腸息肉等。
呼吸內科：
肺支氣管、肺葉積水(理療)。 
肛腸科：
內痔、外痔、混合痔、肛瘺、肛裂、內痔出血、肛門息肉、肛門濕疹、肛門瘙癢等。
泌尿科：
前列腺炎、前列腺肥肥大、膀胱炎、尿道息肉等 .
口腔科 :
牙根管消毒、海綿狀血管瘤、苔蘚 .
骨科 :
骨列、骨折 (在石膏或者夾板定位進行理療).促進血液循環、鎮痛、消炎、消腫